Usando o poder da lendária Triforce, Link viaja para uma terra distante conhecido como Labrynna onde Veran, a Feiticeira das Sombras, desenvolveu um esquema para alterar o passado de Labrynna. Através de truques e enganos, Veran aproveitara o poder de Nayru, a Sabia, e viaja 400 anos no passado. Antes da Feiticeira das Sombras poder completar sua missão escura, Link deve usar o Harp of Ages para salvar o dia.
