Jogado em um mundo paralelo, as ações de uma travessura de Skull Kid, Link encontra uma terra em grave perigo. A energia escura de uma relíquia chamada Majora's Mask fez estragos sobre os cidadãos de Termina, mas o seu problema mais urgente é uma lua de suicídio batendo para o mundo. Link tem apenas 72 horas para encontrar uma maneira de parar a descida
