Um feiticeiro malvado chamado Agahnim ganha o controle de Hyrule e usa seu poder para libertar Ganon lde sua prisão no Mundo das Trevas. Depois de resgatar a princesa Zelda das garras Agahnim, ha ligação de poderes e os descendentes dos sete sábios fortalecem os selos mágicos projetada para manter Ganon, seguramente preso.